מחלקות ויחידות האגף לכירורגיה כוללות את כל תחומי ההתמחות והניתוחים המתקדמים האפשריים במערכות הגוף השונות כגון: ניתוחי סרטן מורכבים, ניתוחי מוח ובסיס גולגולת, ניתוחי חזה ולב, כלי דם, השתלות איברים, ניתוחי כליות ומערכת השתן, ראש-צוואר, מערכת השלד ושחזורים פלסטיים מורכבים, דוגמת שחזורי שד ואונקופלסטיקה.
קיומן של כל הדיסציפלינות הכירורגיות, וההצטיינות של רבות מהן, הופך את המרכז הרפואי ת”א לאגן ניקוז ארצי לחולים הזקוקים לניתוחים. למעלה מ-60% מהמאושפזים המתוכננים (שלא מאשפוז דחוף) במחלקות האגף, מגיעים אלינו מכל רחבי הארץ.
במחלקות האגף לכירורגיה מאושפזים חולים לשם עיבוד אבחנתי, טיפולים שמרניים במחלות כירורגיות, הכנה לניתוח, ניתוחים דחופים ומתוכננים וטיפול נמרץ לאחר הניתוח.
מחלקות האגף פועלות ביחסי גומלין הדוקים עם מחלקות ביה”ח, למתן ייעוץ על-ידי המומחים המקצועיים בתחומם, לאבחנה וטיפול.
האגף הכירורגי של המרכז הרפואי ת”א היה הראשון במדינת ישראל לאמץ את מדיניות ההתמקצעות בכל שטחי הכירורגיה. בצוות האגף הכולל יותר מ-20 פרופסורים, נמצאים מנתחים מובילים בכל תחומי ההתמחות הכירורגיים והוא משמש כמרכז מנקז ארצי לחולים מורכבים רבים. מחלקות האגף מסונפות כולן לפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל-אביב וצוותיהן פעילים מאוד בהוראה ומחקר.