יחידת בקרת קופות/ערעורי קופות החולים במערך לאיכות ובטיחות המטופל, עוסקת בבקרה רפואית וכלכלית של חיובי אשפוז מול קופות החולים, חברות הביטוח וצה"ל.
הבקרה מתייחסת לאשפוזים, ניתוחים ופעולות רפואיות שונות המבוצעות במרכז הרפואי. היחידה מונה צוות אשר כולל רופא יועץ ואחיות. אלו מקיימים קשר שוטף עם הגורמים הרלוונטיים בבית החולים.