צוות המרפאה מטפל בילדים שהופנו לאחר ביקור במיון, לאחר אשפוזים בפגיה, או מכל מחלקה אחרת בבית החולים.
במסגרת המרפאה, ניתנים ייעוץ וטיפול בסובלים ממומים מולדים במערכת העיכול כגון:
- איטמות פי הטבעת
- מחלת הירשפורג
- בקע סרעפתי
- היצרות מולדת של השוער (Piloric Stenosis)
- מומים מולדים בוושט (איטמות ושט) ועוד.