האגף הפנימי כולל תשע מחלקות פנימיות, המסונפות לפקולטה לרפואה ע”ש סאקלר באוניברסיטת תל-אביב. בנוסף למחלקות הפנימיות, קיימים תשעה מכונים ויחידות בתת המקצועות השונים, אשר מסונפים גם הם לפקולטה לרפואה, ביניהם: מכון המטולוגי, מכון ראומטולוגי, מכון גסטרואנטרולוגי, מכון ריאה ואלרגיה, מכון נפרולוגי, מכון אנדוקריני, יחידה לאימונולוגיה קלינית, יחידה למחלות זיהומיות, יחידה לסוכרת, יחידה למחלות מטבוליות ועוד.
כמו כן, מסונפות לאגף הפנימי, המחלקה הנוירולוגית, מחלקת עור, המערך הקרדיולוגי והמערך האונקולוגי. בסה”כ, כ-40% ממיטות המרכז הרפואי שייכות לאגף הפנימי.
בשנים האחרונות מושקע מאמץ רב בהעלאת הרמה הרפואית והאקדמית של רופאי האגף. קיימות מסגרות רבות להוראה, הן מחלקתיות והן אגפיות, ותוצאות הבחינות במקצוע הראשי ותת המקצועות השונים טובות מאוד עם אחוזי הצלחה שמגיעים השנה לכ- 80%. קיימים גם מסלולים אקדמיים נוספים, כגון מחקר באוניברסיטת תל-אביב ובמכון ויצמן במסגרת חלק מההתמחות או כתוכנית לדוקטורט.
מטרת האגף לשנים הבאות הנה בראש ובראשונה שיפור התנאים הפיזיים של המחלקות שנותרו בבנין הישן והעברתן לבנין סוראסקי, ובעיקר שיפור האינטגרציה של השירותים השונים תחת קורת גג אחת, דבר שיגרום לשיפור ניכר בשירות הקליני.