הפעילות המחקרית במחלקה לאימונולוגיה אמורה לענות על מגוון של שאלות החל מאוכלוסיות תאי מערכת החיסון ותפקודם בכבד ובמעי, בזמן רגיל ובזמן מחלה, ועד המנגנונים המולקולאריים המווסתים את התגובה החיסונית ובדגש על מחלות מעי דלקתיות (IBD) וסרטן.
המחלקה לביולוגיה מולקולארית של התא וסרטן מתמקדת במחקר על המנגנונים המולקולאריים והגנטיים הפועלים בבסיס מחלות דלקתיות, כמו גם מחלות זיהומיות של הכבד ומחלות מטבוליות וסרטן. קבוצות, העוסקות במחקר על מנגנוני בקרת נזקים ב-DNA ותיקונם, מוטציות ומסלולי בקרת שעתוק המתווכים ע"י מיקרו-RNA, שואפות לגלות את טביעות האצבע הגנטיות, שמאפיינות את מחלות דרכי העיכול ושוקדות בימים אלו על הקמת בנק רקמות.
המחלקה למיקרוביולוגיה עוסקת במחקר אודות אוכלוסיות החיידקים במעי ותפקידם בזמן רגיעה ובזמן מחלות מעי דלקתיות, כמו גם במחקר על מחלות ויראליות זיהומיות בכבד.
המחלקה למחלות מטבוליות וכבד עוסקת במחקר אודות מנגנונים פיזיולוגיים, המעורבים בממשק בין מטבוליזם לפיזיולוגיה של הכבד עם דגש על מחקר במחלות כגון: תנגודת לאינסולין, פיברוסיס של הכבד, שחמת הכבד, כבד שומני, והפרעות אכילה.
מרכז המחקר מגשר, למעשה, בין המדע הקליני לבסיסי, ומאמץ את האתגר לחשוף את המנגנונים הפיזיולוגיים המונחים בבסיס פתולוגיות של מערכת העיכול, תוך רצון תמידי לתרגם את הישגי המחקר של היום לרפואה של מחר.
